1、不能與殺菌劑混合運用，防治根腐病、根癌等土傳病害；（見殺菌劑就死亡）

2、紫外線可以殺滅微生物菌肥里面的生物活性菌；（見紫外線就死亡）

3，與化肥混用要留意化肥用量不能過大。高濃度的化學(xué)物質(zhì)對菌肥里的微生物有毒害作用。

4，留意溫渡過高，過低，干旱條件下的作物田塊不建議施用生物菌肥。會影響菌肥活性。

5，留意不要沖施生物菌肥，由于水會沖散菌群，影響菌肥效果。

6，留意：菌肥中的菌賴以生活的條件是無機質(zhì)。通常把無機質(zhì)稱爲生物菌的載體。也就是說無機質(zhì)是生物菌賴以生活的食物。

      所以一定記得補充土壤無機質(zhì)確保菌肥成效！菌肥消費中載體很重要，關(guān)乎菌的活功用力。話說回來，土壤中有足夠的無機物或腐殖質(zhì)時微生物才干更好的生活繁衍起作用，激活其他營養(yǎng)元素。微生物菌在土壤中作用主要是發(fā)作各種酶，分解各種養(yǎng)分，發(fā)作各種酸和二氧化碳，給作物提供更多養(yǎng)分。而微生物菌要成活和繁衍，土壤中要有足夠的無機質(zhì)才行。所以我們倡議無機肥和和菌肥搭配運用！土壤無機質(zhì)含量足，土壤理化性狀就好，加強了土壤有益微生物的活動，從而促使無機物分解轉(zhuǎn)化，發(fā)作多種營養(yǎng)物質(zhì)和撫慰性物質(zhì)，反過來又撫慰微生物的生長發(fā)育，促進作物生長，最終抵達增產(chǎn)增收的目的。

      缺了無機質(zhì)的土壤含水性差，各類肥料溶液向作物根部“表達”才干差，致使根系生長的內(nèi)在撫慰缺乏。土壤無機質(zhì)缺失，會使化肥對土壤板結(jié)影響的烈度愈加凸顯。而無機質(zhì)豐厚，化肥的使用率就大大提高了，化肥殘留于土壤中的硫酸根、氯離子、亞硝酸鹽等物質(zhì)會因轉(zhuǎn)化爲水溶無機化合物， 以及豐厚的土壤微生物的多重作用而無害化，使土地可以永續(xù)耕作。

      所以歸根結(jié)底，化肥“使土壤板結(jié)”的負面作用并不是化肥之過，而是人們無視了向土壤施用足量的無機肥料的結(jié)果。土壤中無機質(zhì)缺乏，微生物繁衍所需的碳源缺乏，致使根際微生物群落稀疏，根系生長的外源撫慰太弱，根系就失掉了生長的外部撫慰。土壤板結(jié)和藥害（土壤中農(nóng)藥殘留嚴重）構(gòu)成農(nóng)作物多種病害。假設(shè)土壤中無機質(zhì)豐厚，這些危害是可以減輕甚至是可以避免的。